Il Consultorio è amministrato da un Consiglio direttivo. È composto dal responsabile dell’Ufficio della Pastorale Familiare in qualità di Presidente; dal Direttore della Caritas Diocesana, dal responsabile dell’Ufficio Scuola, dal responsabile dell’Ufficio Tutela dei minori, dalla Delegata diocesana Usmi; dal Direttore e Coordinatore scientifico.